Добрый день, Алексей. Суд самостоятельно не в праве применять Срок исковой давности. Если ответчик не заявил о применении срока - то суд выносит решение об удовлетворении иска. Вам нужно попробовать отменить судебный приказ, если отменять - то просить в дальнейшем суд применть СИД.